Кластер имеет смешанную систему управления.
→ Взаимодействие между специализированными организациями субкластеров и участниками субкластеров имеет двухсторонние связи, а характер взаимодействия носит смешанный вид, в силу мультидисциплинарности Кластера.
→ При этом взаимодействие с федеральными органами власти, федеральными институтами развития и органами власти Новосибирской области осуществляется по принципу через специализированную организацию кластера (далее - спецорганизация), функции которой согласно , утвержденному Губернатором Новосибирской области, исполняет ГКУ НСО "Центр регионального развития".
Органами управления Кластером являются:
1. Спецорганизация: осуществляет методическое, организационное, экспертно-аналитическое и информационное сопровождение развития Кластера.
2. Совет Кластера: создан в целях реализации Стратегии развития НПК "Сибирский наукополис".